如果双方父母分居在不同的城市，要起诉抚养权， 可以查找当地的法律援助机构和律师，寻求专业的法律帮助。也可以通过以下步骤自行申请抚养权：
1.了解当地相关法律规定。不同地区的法律规定有所差异，了解相关法律规定可以帮助自己更好地掌握自己的权利，以及合理合法地维护自己的权益。
2.与另一方达成协议。如果父母双方公平合理地协商并达成抚养权协议，则无需起诉。如果无法达成协议，可以尝试通过其他途径解决争议。
3.起诉法庭并申请庭前指导。如果无法通过协商解决争议，则需要申请法院的庭前指导程序。这包括在法庭上出席会议，听取法官的建议，并遵循法庭的规定和程序。
4.举证和申请庭审。当申请顺利通过后，需要对抚养权申请进行举证和申请庭审，以向法庭证明自己的权利。如果法院判定为充分有理的理由，则一方有可能会被授予抚养权或者得到一个关于抚养权问题的合理解决方案。
总的来说，申请抚养权需要遵循当地的法律程序，必要时寻求专业帮助，还需要保持耐心和坚持，不轻言放弃。
