拆迁协议可以抵扣契税，但不是全部可以。这要看具体情况。一般情况下，如果拆迁协议中涉及到了赔偿款项，那么就可以用来抵扣契税。但如果拆迁补偿款项中并没有涉及契税，那么是不能抵扣的。
在实际操作中，抵扣契税需要按照相关规定进行操作。首先，需要与房管部门交流确认。其次，需要准备好相关文件，包括拆迁协议、申请表等，并提交给税务部门进行审核。审核通过之后，再交纳剩余的契税款项即可完成抵扣契税的手续。
需要注意的是，抵扣契税是有一定的限制的。比如说，如果拆迁房屋的面积和价格都超过了一定的标准，那么就不能抵扣全部的契税。这个标准的具体限制因地区而异，需要根据当地具体情况进行查询。
总的来说，拆迁协议可以抵扣契税的情况并不是特别普遍，具体情况需要根据当地规定和实际情况进行判断。但如果有机会进行抵扣，这无疑是为业主节省了一些财务成本，是一件好事。
