首先，农房拆迁协议指的是农民与政府、企事业单位等达成的关于农村房屋征收、拆迁、补偿等事宜的协议。农房拆迁补偿主要包括货币补偿、安置补偿、土地补偿等多种方式。在此基础上，我们探讨是否能够抵扣契税。
契税是指不动产买卖、赠与、抵押、租赁等行为所产生的税费，是不动产交易必须缴纳的税费，具体缴纳情况根据地区而异。对于农房拆迁的情况，它并不是一种标准的不动产交易行为，所以不能像正常的买卖、赠与等交易方式一样缴纳契税。
但是，对于农房拆迁时所得的货币补偿，根据国家法律规定，其需要缴纳个人所得税。这里需要注意的是，货币补偿所缴纳的个人所得税金额不能超过货币补偿本金的20%。而这个20%的税款是可以抵扣购买住房缴纳的契税的。
具体来说，如果在农房拆迁过程中所得到的货币补偿满足购房条件，可作为购买住房的首付或完全支付房屋价格，缴纳相应的契税时，可将所缴纳的个人所得税及已缴纳的资金按照对应的比例予以扣减。比如，个人需要缴纳20万元的契税，其中已经缴纳了4万元的个人所得税，那么可按缴纳契税金额的20%算出已经缴纳的税款与应扣除的税款，从而直接扣减应缴纳的税款。需要注意的是，抵扣契税时需要提供相关的发票、证明文件等资料。
总之，农房拆迁协议并不能直接抵扣契税，但是货币补偿所缴纳的个人所得税可以在购买住房时作为首付或完全支付房屋价格的一部分，而且在缴纳契税时可以抵扣。因此，在农房拆迁补偿的过程中，有需要缴纳契税的情况时，可通过合法的税务渠道，利用个人所得税的抵扣规定，减轻自己的负担，实现自身的利益最大化。
