即使夫妻双方分居两年以上，也仍然需要协议离婚。这是因为离婚不仅仅是夫妻之间的一项个人决定，更是一项法律程序。因此，无论夫妻相处多久，都应该按照相关法律程序进行离婚，以保证离婚的合法性和有效性。
在协议离婚中，夫妻双方需要就分割财产、子女抚养权、抚养费、赡养费等关键问题达成一致。如果双方无法达成一致，那么就需要通过法律程序来解决争议。这个过程将耗费更多的时间和金钱，并可能对双方造成不必要的负面影响。
因此，如果夫妻双方已经分居两年，仍有意离婚，建议尽快协商解决，避免将问题拖延到更严重的程度。当然，在协议离婚中，双方也应该保持冷静，理性对待离婚，注重公平和合理的原则，以达成双方都能接受的协议。
总之，分居两年后离婚仍需要协议。这样不仅符合法律程序，也可以更好的保护双方的权益。
