在离婚分居两年后，双方的感情和利益都可能发生了变化，因此进行协议是非常必要的。分居两年可能会导致许多问题需要考虑，例如子女抚养权、财产划分、赡养费等。
首先，有关子女抚养权的问题需要考虑。如果双方已经协商并达成共识，则需要向法院申请认可，并制定相关协议。如果一方没有履行抚养义务，另一方可以向法院申请强制执行。协议只有在双方的共同协议下才能达成。
此外，还需要考虑财产划分问题。夫妻离婚时，如果没有事先协商好财产划分，法院将根据《婚姻法》的规定进行划分。但是，如果双方已经协商好，可以制定协议并在法院进行确认。
最后，赡养费的支付也是离婚协议中需要考虑的问题之一。如果有子女需要抚养，则一般需要支付赡养费。协议需要明确谁应该支付赡养费，每个月的费用和支付的方式。
总之，离婚分居两年后需要协议是非常必要的。通过协议，双方可以达成共识，并就子女抚养权、财产划分、赡养费等问题达成协议。这些协议将有助于避免争议，减少诉讼成本，并保护双方的合法权益。
