分居和离婚是两个不同的法律概念。分居是指夫妻双方在未离婚的情况下，就某些具体问题达成共识，协议分居，按照协议居住。离婚是夫妻关系终止，双方重新恢复单身状态。因此，有分居协议并不等同于离婚协议。
虽然分居协议可以解决夫妻之间的矛盾，但是法律上仍然要遵守夫妻的离婚程序。因此，即使已经有了分居协议，夫妻仍然需要制定离婚协议来终止婚姻关系，使双方真正地恢复单身状态。
离婚协议包括诸如婚姻财产分割、抚养子女、赡养老人、探视权等各方面内容，需要夫妻双方协商制定并提交法院审批。如果夫妻有不同意见，可以通过调解、诉讼等方式解决，保障双方的合法权益。
因此，虽然有分居协议，但必须拥有离婚协议才能最终恢复单身状态，解决离婚后的问题。建议夫妻在制定分居协议时就应考虑到离婚协议所涉及的内容，减少分居和离婚过程中的纠纷和矛盾。
