离婚协议是指离婚双方在离婚时签订的协议书，其中规定了双方在离婚后的财产分割、子女抚养、探望等事宜。离婚协议是双方自愿达成的约定，具有法律效力。
如果双方分居5年后离婚，离婚协议是否仍然有效呢？答案是肯定的。无论是分居期间，还是分居后，双方签订的离婚协议都是具有法律效力的。在分居期间，离婚协议仍然可以对双方的财产分割、子女抚养等问题做出约定。双方签订离婚协议后，如果协议内容没有违反法律法规，法院将予以认可。
但是，在分居期间签订的离婚协议可能会因为时间的推移、双方情感的变化而失效。比如，双方在分居期间签订的协议规定，由某一方独立抚养子女，并承担所有费用。但是，之后有一方因无法承担子女抚养费用而提出与对方协商修改协议，此时双方应该重新协商，不能僵持不下。此外，离婚协议中规定的一些具体约定可能会因为新的时间、新的环境或者法律法规的变化而失效。此时，双方可以再次协商，修改原先的离婚协议。
因此，即使双方分居5年后离婚，离婚协议仍然有效。但是，离婚协议的有效性也需要双方根据实际情况进行协商和修改。离婚协议中所约定的事项，也必须符合法律法规的规定，否则将被视为无效。所以，在离婚时，不但要制定详尽的离婚协议，还要注意细节和法律法规的约束，以确保离婚协议的有效性和合法性。
