协议离婚后房产证的处理方式基于夫妻离婚时所持有的房产情况，通常有以下几种处理方式：
1、谁持有房产证就归谁。如果离婚时只有一方名下有房产，那么房产证归该方所有。
2、共同协商一致。离婚时，双方共同协商一致，一方让出房产并同意过户，或者共同决定出售房产，并在离婚协议中约定分配方式。
3、法院判决。如果在离婚诉讼中无法协商一致，法院将会根据具体情况判决房产归谁所有。
无论哪种情况，如果房产需要过户，则需要先到当地不动产登记机构办理过户手续。过户时，需要提供离婚协议、身份证明和房产证等相关证件，并缴纳相关手续费用。在过户完成后，新房产证将会由登记机构发放给新的产权人。
总的来说，在协议离婚后，房产证的处理方式会根据离婚双方达成的协议或法院判决而有所不同。无论采取何种方式，过户手续需要遵循相关规定并缴纳手续费用，才能将房产证转移给新的产权人。
