根据我所了解的情况，户口不在一起的夫妻也是可以协议离婚的。在中国，离婚主要分为协议离婚和诉讼离婚两种方式。协议离婚是指夫妻双方自愿协商达成的离婚协议，无需法院审判，一般由民政部门进行确认，手续相对简单，时间也较短。而诉讼离婚则是指夫妻一方向法院提起离婚诉讼，经过审判后达成的法院裁决，流程较为复杂。
虽然户口不在一起的夫妻在协议离婚时可能需要面对一些额外的困难，例如配偶所在地的民政部门需要与另一地的民政部门沟通，可能会引起时间上的延长等问题。但只要夫妻双方都愿意离婚，并且达成协议，无论户口在哪里，都可以进行协议离婚。在这种情况下，夫妻双方可以通过当地民政部门申请离婚登记证，来证明自己已经离婚。
总的来说，户口不在一起的夫妻同样具备协议离婚的条件和权利。夫妻双方只要达成一致意见并按照相关规定进行手续，即可完成离婚程序。当然，在实际操作中，因为户口不在一起可能需要额外的时间和精力，因此建议夫妻双方在离婚决定前，尽可能了解手续和流程，避免过程中出现不必要的麻烦和误解。
