协议离婚是指夫妻双方就离婚所涉及的财产分割、子女抚养、赡养等问题进行协商和达成一致，然后向法院提出离婚申请。如果双方不在一起，那么可以通过以下方式进行协商和达成协议离婚：
1.网络协商：可以通过网络联系，通过邮件或聊天工具进行协商后达成一致。这种方式也是比较常用的一种方式。
2.律师代理：夫妻双方可以委托各自的律师进行协商，律师代表双方进行协商，达成协议后再向法院提出申请。
3.书信协商：双方可以通过书信进行协商，在信中表达自己的意愿和要求。当然，在书信协商中需要慎重选择措辞，并注重礼貌和和平。
4.通过亲友介绍:如果双方不方便当面交流，那么可以通过共同的亲友进行沟通和协商。由于亲友关系的存在，可能会更顺畅的进行沟通和协商。
总的来说，即使夫妻双方不在一起，也可以通过不同的方式进行协商和最终达成协议离婚。在协商的过程中，双方要注重保持理性思考，尊重对方的意见，保持沟通畅通，达成一致的目标。
