变更抚养权协议公证是为了保护未成年子女的合法权益，确保双方在变更抚养权方面的协议得到合法有效的认可的一种方式。公证机构是进行变更抚养权协议公证的具体单位，其主要职责是根据法律规定对变更抚养权协议进行认证并签发公证书。在中国，公证机构由司法行政机关或者人民政府授权设立，主要负责公证、鉴定、证明等工作。
根据《中华人民共和国公证法》，变更抚养权协议公证应当遵循以下程序：首先，当事人需亲自到达公证机构提交变更抚养权协议书，并提供身份证明和相关单据材料。其次，公证机构须对当事人身份证件进行核查验证，同时要求当事人对协议书的真实性进行确认。最后，公证员对协议书主要内容进行审查、读出、正式签发公证书。
变更抚养权协议公证的保护作用主要体现在以下几方面：一是公证是具有法律效力的证明文件，可作为法庭审理的证据；二是公证可以减少争议，避免双方在接下来的生活中再次产生不必要的矛盾；三是公证可以有效地维护未成年子女的利益，确保他们的权益得到充分的保护。因此，在需要变更抚养权协议时，建议当事人选择公证机构进行公证，以保证个人权益和家庭和谐的最大化。
