是的，法院协议离婚是合法的。在中国，离婚有两种方式：一是协议离婚，即夫妻双方达成一致，向有司法权力的机关申请离婚；二是诉讼离婚，即夫妻双方就离婚事宜在法院进行诉讼，由法院判决是否准予离婚。
在协议离婚的情况下，夫妻双方可以根据自己的意愿和协商结果达成离婚协议。当然，在这个协议中的内容、形式和创立方式上需要符合法律规定，否则法院可能不会认可或者部分不予执行。
一般而言，夫妻协议离婚需要具备以下基本要素：
1. 夫妻双方自愿达成离婚协议，不能有一方被迫或者利用不平等关系占便宜的情况。
2. 对夫妻共同财产进行分割。但是，如果财产分割方案不合理或不公平，法院也可以根据情况进行调整。
3. 对子女抚养、教育和探视等事项进行约定。与财产分割一样，如果这个方案不公平或不合理，法院也可以进行调整。
当夫妻双方达成离婚协议并提交申请时，法院会对协议进行审查。如果协议符合法律规定并且对双方合理，法院就会予以认可，并发布离婚证书。对于可能存在的争议点，法院会对其进行调解、仲裁或者裁决，确保离婚协议的公正合法。因此，法院协议离婚是合法的，获得法律保护，且离婚后产生的财产和子女抚养等问题都可以据此进行解决，充分保障离婚双方的合法权益。
