违章加盖的拆迁赔偿协议在法律上是否有效，需要分情况来看。首先，需要明确的是，任何以违法手段达成的协议都是无效的。
如果是在没有任何强迫或欺骗的情况下，双方自愿达成的协议，并且符合法律规定的格式和要求，则这样的协议是有效的。但是，在实际中，违章建筑拆迁赔偿协议经常存在以下问题：
一、加盖协议是否真实：有些违章建筑主可能会被拆迁人员强迫签署加盖协议。因此，这样的协议在法律上是无效的。
二、补偿标准如何界定：拆迁补偿标准应该是固定的，但是某些地方却因为不同的情况，对补偿标准有所增减。如果在签署协议时未说明明确的补偿标准，那么按照法律规定，这份协议会被认为是不合法的。
三、未遵守必要手续：拆迁赔偿需要遵守特定的程序和手续，比如通过公开招标确定拆迁赔偿方，以及在协议达成之前获得政府的批准和备案等。如果缺少这些必要步骤，那么该协议是无效的。
总的来说，违章加盖的拆迁赔偿协议是有可能有效的，但需要通过合法的程序并且双方自愿的情况下签署，并且遵守法律制定的有关规定。如果这些条件得不到满足，那么这份协议无法生效，同时还有可能引发其他的法律问题。
