首先，在离婚协议中需要明确双方共同拥有的自建房产的归属问题。其中，需要确定的内容包括房产的所有人、房产的面积和价值等信息。同时，如果双方都有一定的财产出资，则需要确定双方在该房产中所占的份额。
其次，在协议中需要明确房产的使用和处置问题。如能否出租、是否可以转让、出售等。对于房产的维修、保养等使用上的事项也需要约定。
第三，对于贷款的还款问题也应该在离婚协议中详细约定。如果贷款是双方共同协议，也需要约定谁来还，还款数额以及还款方式等。
最后，在离婚协议中应明确双方在离婚后的生活、抚养子女、财产分配等方面的问题。离婚协议应写明自建房产问题以及其他离婚相关协议内容，双方应共同签字确认。
