首先，在自建房的离婚协议中，需要明确双方对房产的权利和义务，包括房产所有权归属、房产的分配方式、房产的贷款还款责任等。协议需要确定双方对房产的分割方式，可以选择一方赔偿另一方的部分房产价值、协议出售房产并分配收益等方式。
其次，需要约定离婚双方对子女的抚养、扶养和监护问题。需要确定子女的抚养费用、监护权、探视权等问题，以保证子女的合法权益和健康成长。
协议中还需要约定财产分割和债务清偿，具体包括双方资产的财产分割、负债责任的分配等，以确保离婚后双方债务清偿的合法性和合理性。
最后，需要明确双方在离婚过程中所需承担的一些规定，如不公开离婚协议内容，维护双方及家庭成员的尊严等内容。
在制定自建房的离婚协议时，双方应该充分考虑各项问题，理智、公正、平等地处理各种利益关系，以实现双方最大化的收益和保障子女的健康成长。同时，在制定协议的过程中，双方应当尽可能达成一致意见，并借助专业人士的意见和帮助，确保协议的合法有效。
