离婚自建房的协议需要特别注意的问题如下：
一、关于房屋归属的约定
离婚自建房的协议必须要约定房屋的归属，因为婚姻关系的解除必然会对房屋的所有权产生影响。因此，在协议中需要明确房屋的归属方案，以免产生不必要的纠纷。
二、关于财产分割的约定
离婚自建房的协议还需要就财产的分割进行约定，尤其是房屋的评估和分配问题。如果婚姻双方无法就此达成一致，可以委托房产评估公司或第三方机构进行评估，并协商分配方案。
三、关于使用权和协议解除
离婚自建房的协议还需要关注房屋的使用权问题，以及解除协议的条件和方式等问题。在协议中应当明确约定婚姻双方对房屋的使用权、维修和管理等方面的规定。
四、关于法律责任的约定
离婚自建房的协议还需要就法律责任问题进行约定，例如协议违约、争议解决方式等问题。这些约定可以减少后期可能产生的纠纷和风险，以保障双方的合法权益。
综上所述，在离婚自建房的协议中，需要注重界定房屋归属、财产分割、使用权和协议解除、法律责任等方面的问题。同时，协议的内容应当充分考虑双方的利益，尽可能达到协商一致，避免后期可能产生的混乱和纠纷。
