离婚协议中，农村自建房属于财产分割的一种，因此需要按照夫妻双方共同协商分割。分割规则应该由夫妻双方协商一致，并在协议书上明确规定，以避免对双方造成不必要的误解和纠纷。
首先，在协议书上应详细记录双方农村自建房的物品、面积、建设时间和建筑质量等基本情况，以便做出合理的分割。
其次，夫妻双方可以协商选择一种多数人认可的分配方式，例如按照双方财产比例分割或者按照各自财产所占比例进行分割。
最后，如果夫妻双方无法达成共识，可以请专业的评估机构对房产进行评估，评估结果将成为分割的参考依据。
总之，无论采用何种分割方式，在制定离婚协议时，夫妻应该充分尊重彼此的合法权益，协商解决问题，确保合理公正的分配。同时，也要注意协议内容的法律效力，一旦签订后不得擅自修改或撤销，以免引起纠纷和诉讼。
