根据《中华人民共和国城乡规划法》及其相关规定，农村宅基地建房应当遵循宅基地利用总体规划，建造建筑面积不得超过容积率。同时，规定了农村宅基地房屋的建筑要求以及禁止建筑高层、底层高度及二层以下的建筑面积等。
因此，如果农村宅基地的二层及以上的建筑是未经规划批准的违建，就属于不合法建设。此类违建除了存在安全隐患外，还会对周边的生态环境、土地资源造成破坏，给社会带来不良影响，需要进行整治。
但是，在一些地区，经过规划并且符合相关的建设标准、法规及制定的梁网装配式建筑标准的农村宅基地，则可以在保证安全的前提下建造二楼及以上建筑。但是，需要遵守相关的容积率和建筑高度要求，并确保建筑材料的质量符合国家标准，对二层及以上建筑进行正确的承重和隔热保温等措施，确保安全。
因此，农村宅基地二层尚不算违建，但要严格按照规划、安全、环保等要求进行建设，如若不遵守规定，仍然是违法行为，需要受到相应的处罚。
