拆迁和协议是两种不同的方式，但都与土地使用权有关。拆迁主要是指政府为了公共利益需要，通过强制拆除私有土地使用权，而协议则是指双方就土地使用权的转移等事宜达成协议、签订文件等程序。具体差别如下：
1. 拆迁的主体为政府，而协议的主体为所有权人或合法使用人。
2. 拆迁是强制性的，政府可以通过法律手段对土地使用权进行强制收回和清算；而协议是自愿的，协议一般不会在强制手段下达成。
3. 拆迁的土地使用权的补偿标准和方式由政府规定，而协议的土地使用权的补偿标准和方式由双方协商确定。
4. 拆迁往往涉及到广大群众的根本利益，因此往往会引发社会不满等一系列问题，政府会进行一系列舆论安抚等工作；而协议的纠纷只会在双方之间解决。
5. 拆迁过程中需要对征迁人员进行安置等一系列的补救措施，而协议则不需要进行此类补偿。
综合来看，拆迁和协议在土地使用权的转移和补偿方面有很大的不同，应视具体情况进行选择。
