农村宅基地审批主要管理部门是国土资源部门和农村土地管理部门。
在中国的行政体系中，作为国土资源管理部门的国土资源局（或地方国土资源局）是负责宅基地审批管理的主要部门，其职能包括颁发土地使用证、土地承包经营权证等证件，监督宅基地的规划、使用、转让等活动，并落实国家有关土地政策，保障农民的基本土地权益。
同时，农村土地管理部门也参与农村宅基地审批管理。农村土地管理部门分布于各省、市、县，其主要职责是指导农民法定集体经济组织和农村居民委员会等地方政府组织的土地管理工作，协调土地利用和土地承包等土地管理工作，监督城乡土地使用权的变更、转让、流转等活动。
综上所述，农村宅基地审批涉及到土地利用、规划、转让等多个方面，在国土资源部门和农村土地管理部门的双重监管下，才能保证宅基地的规范使用，同时确保农民的基本土地权益。
