办理南京离婚协议手续的时间取决于许多因素，如双方的合作程度、离婚协议的条款和离婚协议的类型等等。一般情况下，办理离婚协议手续需要至少30天的时间，但是也可能会更长或更短。
首先，如果双方已经缔结了一个完整的离婚协议，并且这个协议符合当地的法规，那么办理手续的时间可能比较短。例如在南京，如果双方签署了一份合法的离婚协议，可以在1-3个月内办理完毕。
其次，如果离婚双方存在一些争议，如财产分割、子女抚养等问题未能达成共识，那么办理离婚协议手续可能会花费更多的时间，需要咨询律师或上诉法院解决。
另外，离婚协议的类型也对办理手续的时间有影响。如果双方选择的是诉讼离婚，那么办理离婚协议手续可能会比较长，因为需要提交相关证据、出庭等等。而如果双方选择的是协议离婚，则有可能在一个月内办理完毕。
总的来说，办理南京离婚协议手续的时间虽然存在不确定性，但依据不同因素还是可以给予一定的估计时间，这也需要离婚双方在协商离婚协议的过程中顾虑到实际情况，尽量减少争议和纠纷。
