指标房是特指政府为解决城市住房困难事业所开展的一项公共租赁住房项目，此类房源通常是由政府通过摇号等形式向符合条件的公民进行配租。在购买指标房时，拆迁协议的存在需要具体情况而定，不是必然存在的。
对于一些拆迁项目，政府为了解决拆迁户的住房问题，会推出拆迁安置房项目，而这些安置房项目通常属于公共租赁住房项目的范畴，同时具备指标房的特点，符合条件的公民可以通过摇号等方式获得配租资格。对于这部分拆迁安置房项目，指标房购买者也可以获得购房凭证和使用权，但需要注意的是，拆迁安置房属于租赁房源，购房者拥有的只是一种使用权，而非产权。
此外，还有一种情况是，在政府规划的新建小区中，为方便划拨土地、规划、建设等工作，可能会提前拆迁一些房屋，这些房屋的业主可以与政府进行协商，签订拆迁协议，甚至可以获得政府给予的一些补偿。在这种情况下，政府可能会为购房者提供一种购买拆迁协议房的机会，但这部分房源也不一定属于指标房。
总之，指标房和拆迁协议房并不是完全重合的两个概念，在购买指标房时，是否存在拆迁协议需要具体情况而定，需要购房者仔细查看房屋所在的政策扶持项目、拆迁文件等相关资料，并向售房方咨询，以便选择到符合自己需求的房源。
