旧改拆迁指标房的协议应该包含以下几个方面：
1. 拆迁安置方案：协议应该详细说明拆迁安置方案，包括拆迁时限、拆迁安置时间、安置房数量、安置房面积等，并对每个被拆迁户口的安置情况进行说明。
2. 房产权益保障：协议中应该明确说明被拆迁户的房产权益保障措施，包括合理补偿、赔偿标准、以及如何处理房屋所有权转移等问题。
3. 安置房质量标准：协议中应该规定安置房的质量标准，包括居住环境、房屋结构、建筑质量等方面，确保被拆迁户能够安居乐业。
4. 支付方式及期限：协议应该明确说明支付的方式及支付期限，以保证被拆迁户的权益得到有序保障。
5. 双方义务与责任：协议中应当明确规定双方当事人的义务和责任，确保拆迁与安置过程中各方的权益都能够得到保障和维护。
总之，在编写旧改拆迁指标房协议时，应该充分考虑被拆迁户的权益和安全，同时也需要合理考虑开发商的利益，确保协议内容公平公正，合理有效。
