南京协议离婚是指夫妻双方在自愿离婚的前提下，按照相关法律和程序签署离婚协议。离婚协议需要在司法机关进行认可和登记，依法生效，从而真正解除婚姻关系。
在南京，离婚的具体办理部门是人民法院。当夫妻双方达成离婚协议后，需要前往当地人民法院递交申请，办理离婚手续。具体的流程包括：
1.提交离婚协议书：双方到当地人民法院提交已经签署好的离婚协议书，同时提供相关证明文件。
2.审查确认：人民法院会对离婚协议书进行审查确认，确认其是否符合法律规定以及双方是否真实自愿。
3.公告告知：如果双方签署的离婚协议涉及到婚姻财产分割、子女抚养等重要事项，人民法院需要进行公告告知，让当地社会公众参与审查。
4.生效判决：如果审查确认无误，离婚协议书被认定有效，人民法院会作出离婚生效的判决书，离婚即正式生效。
需要注意的是，办理离婚协议需要填写的相关表格及申请材料、审核流程等可能有所不同，具体规定需要根据当地人民法院的要求进行办理。
总之，南京协议离婚需要在人民法院进行办理，具体步骤需要按照当地相关规定进行操作。由于离婚是极其敏感的事情，涉及到夫妻双方、子女、财产分割等多方面利益，建议夫妻在前往人民法院申请前充分协商、沟通，选择最合适的离婚方式。
