南京离婚协议可以在以下两个地方办理：
1.民政局婚姻登记处
民政局婚姻登记处是南京市政府机关，主要负责婚姻登记和离婚事宜。办理离婚协议需要夫妻双方到民政局婚姻登记处填写《离婚协议书》，并提交相关的证明材料。经过审核，民政局工作人员会将离婚协议书予以备案。需要注意的是，如果夫妻双方在办理离婚协议时存在分歧或者争议，可以向民政局申请调解。
2.司法局人民调解委员会
如果夫妻双方在分配财产、抚养子女、赡养老人等问题存在分歧，可以到司法局人民调解委员会申请调解。调解委员会的工作人员将听取双方的意见，推荐合理的解决方案，以达到平等协商的目的。经过调解，夫妻双方达成共识之后，再到民政局婚姻登记处办理离婚手续。
总之，离婚协议的办理需要夫妻双方共同协商、理性分配，尽量避免出现纠纷和争议。如有不同意见，可以向相关的政府机构寻求调解和协调，以达到和谐解决问题的目的。
