南京市协议离婚的办理地点一般由当地的民政局负责，属于婚姻登记管理中心的管辖范围。 以下是南京市民政局协议离婚的具体流程：
1.双方到当地的民政局证明身份，交相关材料，如：结婚证、身份证等。
2.调解：民政局会安排专门工作人员进行预调解，要求当事人在调解时同意协议离婚，如果双方已经就分配财产、抚养子女等事项达成共识，则可以提出协议离婚的申请。
3.签署协议书：当双方同意协议离婚后，民政局会要求双方签署协议书。
4.领取证件：签署协议书后，必须在规定时间内凭领取凭证、身份证等材料，领取结婚证注销证明。
需要注意的是，如果有未成年子女，离婚协议书上必须包括子女监护人的约定，如父母双方约定离婚后的子女抚养、监护状况，监护方式、费用等。如果离婚协议书上缺少此项约定，民政局将无法批准离婚申请。
总的来说，南京市在办理协议离婚方面，程序简单、操作方便、时限短，需要双方各自理智态度，秉持公私分明的原则，保证办理的顺利进行。
