如果双方已经签署了离婚协议，但某一方或双方希望对协议做出修改，可以通过以下几种方式进行办理：
1. 重新谈判：双方可以重新坐下来谈判，商讨要修改的具体内容，并达成共识。如果双方在谈判中达成一致，可以签署一份更新的离婚协议。
2. 向法院提起诉讼：如果双方不能自行达成协议，可以向法院提起诉讼，要求修改离婚协议。在法院审理期间，双方可以通过调解达成和解协议，或者采取其他方式解决争议。
3. 变更协议：如果双方只是希望修改协议中的某些具体条款，可以通过签署一份变更协议来达成共识。变更协议必须经过双方签署并公证后生效。
总之，如果双方已经签署了离婚协议，但想要进行修改，应该首先进行谈判，如果谈判无果，可以向法院提起诉讼。如果仅仅是修改一些条款，可以签署变更协议。在此过程中，双方需要保持理智冷静，坦诚相待，尽可能地达成一个公平合理的协议，以保障双方的权益和福利。
