根据国家相关法律规定，商铺契税属于不动产交易税，在商铺买卖或转让手续完成时需要缴纳。但是，如果商铺是在进行拆迁协议的过程中被政府收购，那么是否可以免除商铺契税呢？
首先，需要注意的是，拆迁协议是一种特殊形式的不动产交易，而商铺契税是不动产交易税的一种，因此拆迁协议涉及到商铺的契税问题是需要特别关注的。
其次，在某些情况下，政府可能会向商铺业主发放补偿款，用于支付商铺被拆迁的损失，同时也包括商铺契税的费用。但是，在其他情况下，政府并不会为商铺业主支付商铺契税，因此商铺业主需要自己承担这些费用。这意味着商铺业主需要将商铺作为不动产交易进行登记，并缴纳相应的税费。
总的来说，能否免商铺契税取决于政府的拆迁政策和协议。如果政府愿意为商铺业主支付商铺契税，那么商铺业主就无需自己承担这笔费用。然而，在一些情况下，商铺业主可能需要自行支付商铺契税。因此，在进行拆迁协议的过程中，商铺业主应该更加关注政府的拆迁政策和协议，以便更好地掌握自己的权益。
