根据国家有关法律法规，车位契税必须在车位所有权转移之后进行缴纳，无法通过拆迁协议的方式来抵扣。拆迁协议只是一种补偿和协商的方式，旨在保障房屋所有者的合法权益。因此，拆迁协议中的赔偿款项包括但不限于房屋建筑面积、房屋全部及附属设施、房屋折旧补偿、迁居补助及其他相关费用，但并不包括车位契税。
如果您购买的房屋有附属车位，需要缴纳车位契税。车位契税的计算方式是按照车位总价值的5%来计算，由车位的买卖双方共同承担。在购买房屋时，您需要向房屋买卖合同中注明车位的价格及面积，以便在签订车位买卖合同时确定车位的总价值和应缴纳的车位契税。
因此，在拆迁协议中无法抵车位契税，建议在购买房屋和车位时要仔细核对车位契税及其他费用，以便在付款时避免额外的费用支出。如果您对车位契税的计算及缴纳方式有疑问，可以咨询当地房管部门或地税局的相关规定。
