管理农村宅基地的是土地管理部门。宅基地是指农村居民在集体或国有土地上建造居住房屋使用的用地。农村宅基地的管理涉及到土地权属、土地征收、土地流转、土地使用等多个方面。
首先，农村宅基地的土地权属需要得到合法认证。在土地利用制度改革之前，农村集体土地是无法转让和抵押的，造成了农民在宅基地位置、面积、质量等方面存在的法律难题。为解决这一问题，国家土地管理部门出台了《农村宅基地条例》，明确了宅基地的土地权属问题。
其次，农村宅基地的土地征收需要进行规范化管理。因为农村宅基地作为农民的生产生活场所，征收宅基地会牵涉到农民的利益保障，需要进行谨慎把握。土地管理部门通过加强征收程序、明确补偿标准、制定专门的征收管理规定等方式，确保征收方式合法规范，有利于保障农民的合法权益。
最后，农村宅基地的土地流转需要适当引导。在农村经济转型和城乡一体化的背景下，土地流转成为解决农村土地资源瓶颈的有效途径，其中农村宅基地也被纳入其中。土地管理部门可以通过建立土地流转监管平台、完善土地流转市场化机制等方式，指导农民合理流转土地，优化土地利用结构。
综上所述，管理农村宅基地的是土地管理部门。在管理过程中，需要加强对土地权属、土地征收、土地流转等方面的规范化管理，能够更好地保障农民合法权益，促进农村经济发展。
