管理农村宅基地的主要部门是农村土地管理部门。这个部门是由国家和地方政府组织管理的，其职责是负责监督、管理、评估和分配农村宅基地的使用情况。
农村土地管理部门主要的职责包括以下几个方面：
1. 宅基地的规划和分配。农村土地管理部门负责确定宅基地的规划用途和分配标准。在此基础上，对有意愿申请宅基地的农民进行审核和分配。
2. 宅基地的登记管理。农村土地管理部门负责宅基地的登记和管理，确保宅基地的所有权和使用权得到保障。
3. 宅基地的监督和管理。农村土地管理部门承担着监督和管理宅基地的职责，检查宅基地的使用情况，确保宅基地的使用符合法律法规。
4. 宅基地的异议、争议处理。农村土地管理部门负责处理宅基地的异议和争议，包括处理宅基地的所有权、使用权纠纷等问题。
以上是农村土地管理部门的主要职责，同时还要与相关部门协同合作，共同推动宅基地的高质量发展。在推进农村宅基地制度改革的过程中，各地也逐步建立了相应的协调机制，加强政策和资源的共享，为农村宅基地实现更好地利用和管理提供更好的保障。
