协议离婚是一种较为平和的离婚方式，其分配财产也需要双方协商一致。在涉及两套房的情况下，以下是可能的分配方案：
1. 共同拥有：双方可以共同保留两套房，根据离婚协议的内容，规定每个房产的使用权、出租权、继承权等；以及房产的责任，如地税、装修、维护等。
2. 单方面分配：一方有权保留一套房产，另一方有权接受一定的过渡期，比如一年内免费居住，期间的出租收益及维护费用均由保留方承担。
3. 分割分配：双方协商后，可以将两套房产按照比例分配，比如按照财产总额的三分之一和七分之二的比例进行分割；但也要注意房产的公证及过户等法律手续。
综上所述，协议离婚的分配方式需要双方充分沟通和协商，必须遵守法律程序，确保财产分配合法、公正、平等。
