拆迁指挥部签订的协议在一定程度上是有效的，因为其具有一定的法律效力和约束力。一般来说，拆迁指挥部是由政府和社区居民代表组成的，其目的是为了实现城市建设和社区发展。
在签订协议时，各方需要经过协商和谈判，达成共识并签订协议。这个过程本身就是建立在平等、公正、合理的基础之上的，因此签订的协议具有一定的法律效力。协议内容一旦签订，各方都需要遵守约定的条款，否则将承担相应的法律责任。
而且，政府部门在拆迁过程中需要遵守法律法规，并进行公示、听取居民意见、进行评估等程序，确保拆迁的合法性和公正性。拆迁指挥部在进行拆迁工作时也必须遵守相关规定，保障居民的合法权益和基本利益。
当然，在实际情况中，由于各方利益的不同和力量的悬殊，签订的协议可能存在一些问题和不公正的地方。在这种情况下，居民可以通过法律途径来维护自己的权益，要求政府和拆迁指挥部按照协议约定进行拆迁，并追究相关责任人的责任。
总之，拆迁指挥部签订的协议在一定程度上是有效的，但也需要政府、居民和拆迁指挥部等各方的共同努力，确保协议的合法性和公正性，并在实际执行中落实各方的权益和义务。
