拆迁指挥部签协议在一定程度上是有效的。因为对于拆迁项目而言，签订协议是一个必要的过程，也是一种合法的方式来约束各方的行为。在签订协议的过程中，可以明确双方的权利义务，防止拆迁过程中发生纠纷，同时也有法律效力，是对拆迁双方都有保障的。
然而，只有签订协议并不能完全解决拆迁中的所有问题。拆迁过程中往往会存在双方信息不对称、权益不平衡等问题。比如拆迁赔偿标准是否公正合理，拆迁房屋周围环境如何保障等等。由于这些问题的存在，协议签订后仍然可能会出现双方对协议不满意，引起纠纷甚至冲突的情况。此外，有些拆迁指挥部会利用签订协议来强制拆迁，违背了合法权益的保障。
综上所述，拆迁指挥部签协议是为了保证拆迁过程的顺利进行，但并不能完全解决拆迁过程中的问题。当然，在签订协议的时候，双方都应该根据相关法律法规、市场价格等方面进行协商，尽可能达到一个平等、公正的结果，避免引起不必要的矛盾和纠纷。
