拆迁指挥部是政府行政机构的一种，它的作用是统筹规划和协调拆迁工作。在拆迁过程中，拆迁指挥部一般会与被拆迁的居民进行谈判，协商拆迁的方式和补偿标准。因此，拆迁指挥部能签协议是合法的。
在中国，拆迁的程序是非常复杂的，需要符合法律法规中规定的一系列条件。拆迁指挥部作为政府机构，必须遵循法律法规的规定，履行诸如抵押权、贷款问题等有关合同的解决，可以签订协议进行协商，但签订的协议必须符合相关法律法规的规定，确保合同双方的权益得到保障。
例如，在《城市房地产管理法》中，明确规定了拆迁和补偿的相关问题。拆迁指挥部必须依法进行补偿，价格必须保持公正合理，并且必须给予被拆迁的居民充分的商量和参与权。如果拆迁指挥部与居民能够就补偿标准达成一致，则签订协议是允许的。
所以，拆迁指挥部作为政府机构，签订协议的权利是合法的。签订的协议必须符合相关法律法规的规定，合法并有利于所有当事人。在拆迁过程中，拆迁指挥部应该充分尊重被拆迁居民的权益，依法依规进行拆迁，并保障居民的生产生活不受影响，实现和谐拆迁的目标。
