拆迁指挥部协议在一定程度上是有效的，但是具体效力取决于协议内容和签署方式等因素。
首先，拆迁指挥部协议是以政府为主导的文件，具有法律效力。在协议签署前，通常会经过相关行政机构，包括城市规划、建设、人民政府等部门的审批和指导。因此，一般而言，拆迁协议可以视为一种政府文件，受到相关法律法规的保护。在签署后，拆迁指挥部必须按照协议要求进行实施，否则将面临法律责任。
其次，拆迁指挥部协议通常会涉及到拆迁补偿、迁移安置、土地规划等方面的问题，如果协议内容得到了当事人的认可和实施，协议就具有合同效力。从法律角度来看，双方签署拆迁指挥部协议就等同于签署了一份合同，双方都应该遵守协议内容，否则就必须承担相应的法律责任。
最后，拆迁指挥部协议的有效性还要考虑协议的签署方式和签署时的程序是否规范。如果签署协议时涉及到不当行为或程序漏洞，就可能导致协议的效力受到质疑或无效。此外，在协议签署过程中需要注意保障当事人知情权和自愿性，确保协议达成是在双方平等自愿的基础上进行的。
因此，拆迁指挥部协议能否具有法律效力，不仅取决于政府的法律地位和协议内容的法律性质，也受到签署方式和程序的影响。只有协议内容确保规范合法、签署程序规范才能确保协议的有效性。
