如果拆迁协议在被告手中，应该先了解一下情况。如果协议是原告和被告在签署时都有签名和宣誓的，那么被告直接拿着协议去房管局、城管执法部门等相关政府机关进行结算并交纳相关费用即可。但是如果协议只是原告签了名，被告没有签名或宣誓的，这种协议是无效的，被告是没有权利进行相关的拆迁工作的。
如果协议无效，被告可以先寻找专业的律师进行咨询和法律援助。律师将会评估证据和法律规定，帮助被告寻找合理的解决方案。如果被告已经付款或被拆迁，但原告却不履行协议，则被告应该向有关部门进行投诉。投诉后，政府部门将调查原告的行为，如果确实是有违法违规情况，那么政府部门将会采取相应的法律措施，让原告承担相应的法律责任。
总之，如果拆迁协议在被告手中，被告需要首先确认协议的真实性和有效性，并寻求合理的法律策略来保护自己的权益。在这个过程中，律师和政府机关都可以提供必要的法律帮助和指导，帮助被告保护自己的权益。
