离婚协议在法律上是一份具有法律效力的文件，必须在法定程序下签署。按照中国法律，离婚协议应该在当事人的居住地的民事法院进行登记，一般居住地是指夫妻双方最近一段时间内的实际居住地。因此，离婚协议的管辖法院应该是居住地所在的民事法院。
具体来说，离婚协议的管辖法院通常应该是以下之一：
1. 婚姻登记地的民事法院：在大多数情况下，夫妻双方应该在婚姻登记地的民事法院进行离婚协议的登记。婚姻登记地是指夫妻双方最初领取结婚证书的地点。
2. 夫妻共同居住地的民事法院：如果夫妻在结婚后搬家，最终居住地不在婚姻登记地，那么离婚协议应该在夫妻共同居住地的民事法院进行登记，这通常也是夫妻离婚的主要选择。
3. 被告居住地的民事法院：如果离婚协议是由一方提出的，并且对方不在夫妻共同居住地或婚姻登记地，那么申请方可以向被告居住地的民事法院提出离婚协议的登记申请。
在一些特殊情况下，夫妻可能不在同一地区居住，或者居住地多次变更，这种情况下，夫妻可以协商选择一个具有司法管辖权的民事法院进行登记。然而，在选择特别管辖法院时，必须要注意该法院是否具备法律资格和权利来接受离婚协议，并且协商过程必须在双方自愿的情况下进行。
总而言之，离婚协议的管辖法院是基于夫妻居住地的民事法院或者婚姻登记地的民事法院。如果夫妻所在的地区有多家民事法院，则应选择具有司法管辖权和资格的民事法院进行登记。
