如果一方当事人在二审孩子抚养权案件中被判犯罪，那么首先要明确的是，该犯罪行为与孩子的抚养权是否有关联。如果犯罪行为与孩子的抚养权无关，那么该犯罪行为并不影响对孩子抚养权争议的处理，仍需按照法律程序进行二审处理。
但是，如果被告方在二审中被判犯罪与孩子抚养权有直接关联，比如一方被判虐待孩子、滥用职权等，那么就需要重新审视孩子的最佳利益问题。在判决中需要依据国家法律相关规定，根据孩子的身心特征、心理需求、成长环境、双方的抚养能力和婚姻关系的实际情况等方面，依法做出公正公平的判决。这要求二审法院在判决时必须将孩子的权益放在首位，保障孩子的生存权、发展权和权益，使得孩子退出父母冲突的漩涡，正常成长。
同时，如果犯罪行为与抚养权有关，被告方因此被判刑，那么对于孩子的抚养问题就会受到影响。在二审判决时，法院可以根据孩子的年龄、身心特征、双方的抚养能力等实际情况，判断一方被判刑是否会影响孩子的抚养利益。在强化孩子的最佳利益原则下，法院可以考虑将孩子的抚养权交给未被判刑的一方，并要求被判刑一方积极与孩子保持良好联系，切实履行监护权职责。
总之，无论是一方当事人是否被判犯罪，孩子的利益始终应当是最重要的考虑因素。在二审孩子抚养权案件中，法院应当以法律为准绳，秉持公正公平、保障孩子利益的精神，做出明智的判决，维护孩子的合法权益。
