农村宅基地是农村集体经济组织按照国家法律对农村耕地占用的补偿措施，也是农村土地集体所有制中的重要制度安排。而商品房则是一种以赢利为目的的房屋，由于其所有权纵深分割度高、价值转移灵活等特点，成为不少人投资的首选。
在现实中，一些不法开发商利用一些农村宅基地无人管理的漏洞，利用权力或资金漏洞，霸占一些集体土地，盖上高档住宅或公寓，侵占了集体土地的利益，同时也严重侵犯了农民的合法权益。由于这些盖在农村宅基地上的商品房并不符合法律的规定，其合法性受到很大的质疑。
根据相关法律规定，农村宅基地是供农民居住、生产和生活所用的土地，不得转让和转包，也不得划拨用于商业开发。而且在土地法、农村土地承包法等法律法规中明确规定，集体土地只能由农村集体经济组织依法集体经营、集体使用，集体土地的转让、出租、补偿等行为也必须遵循相关的法律程序。
因此，简单来说，对于农村宅基地盖商品楼是否合法，要看具体情况：若在符合相关法律程序的情况下，集体经济组织将农村宅基地出租等交由社会单位或个人使用，盖上商品房进行商业开发，且在建设过程符合相关规定，这种行为是合法的；而如果是开发商私自侵占和改变了农村宅基地、非法操作转让等情况，这样的行为则是违法的。
总之，农村宅基地盖商品楼应该依法依规进行，保护农民的合法权益，促进集体经济的平稳发展。政府应当加大对农村宅基地的管理、监管力度，严格把控相关流程，防止不良开发商的纵欲行为，避免对农民、集体经济造成损失。同时，农村土地流转市场的建设也应走上法治化的轨道，保护小农户和小企业参与流转市场的合法权益。
