农村宅基地改造厂房的合法性需要根据具体的情况来确定，要考虑土地使用权、建设项目审批、规划等多个方面的问题。
首先，改造宅基地建厂房需要办理土地使用权变更手续。根据《中华人民共和国土地管理法》，农村宅基地属于农村集体所有制土地，只有集体经济组织或农村集体经济组织成员才能拥有宅基地的承包经营权和使用权，无法随意转让、转包、抵押等。因此，如果要将宅基地改造为工厂用地，需获得土地使用权变更许可。
其次，改造厂房需要获得建设项目审批手续。根据《建设项目环境影响评价条例》，建设项目分类分为三类，其中，工厂建设项目属于第一类，需要进行环评审批，并获得相关部门的审批许可。因此，改造宅基地建厂房需要符合环保要求，获得相应的建设项目审批手续。
最后，要考虑宅基地改造后是否符合规划。在农村，宅基地有其独特的功能与用途，并按照当地的规划进行布局与利用。因此，改造宅基地建厂房需要考虑是否违反了规划原则，并进行相应审批。
总之，农村宅基地改造为厂房需要获得土地使用权变更、建设项目审批以及符合规划等多个方面的合法手续。只有经过合法审批后，才能合法地进行改造和利用。
