协议离婚是指双方在离婚过程中，达成一致意见并签署协议书，以解决离婚中产生的问题。因此，协议离婚中的协议内容将会充分的考虑到双方的利益，能够减少离婚过程中的争执和不愉快。然而，在签署协议离婚的前提下，如果双方对离婚原因发生争议，其中的出轨问题是一个很敏感的议题。
首先，对于协议离婚，离婚原因是一定需要议定的。如果某一方提出了出轨作为离婚原因，而公证机构认为该离婚原因存在瑕疵，则该条款在协议中就不具有法律效力。
其次，在协议离婚中，如果双方确实存在出轨情况，但不希望将这一问题加入离婚协议中，也是完全可以做到的。因为协议离婚主要是在解决财产、子女抚养等问题上，离婚原因并不影响其法律效力。但是，双方如果不将离婚原因写入协议中，那么双方可能需要再次庭审，法院需要另行确认是否具备离婚的正当性。
最后，如果在协议离婚的过程中，双方出现了离婚原因的争议，建议双方及时寻求专业人士的帮助，例如律师等，并选择合适的证明材料进行支持和论证。在协议离婚的过程中，合法和公正的证据甚至可以取代双方的个人口述，从而帮助双方达成协议离婚的一致意见。
综上所述，离婚协议是一种在离婚过程中更为便捷的解决方法。尽管在离婚原因的争议中，如何处理出轨问题可能会对协议离婚带来一定的困扰，但双方仍能够通过合理的安排和专业的咨询解决协议离婚中的问题。
