如果双方离婚时签订了协议离婚，但是其中的某些条款违反了法律的规定，或者其中一方在签订协议时存在强制、欺诈、威胁等行为，导致协议离婚的生效性受到质疑，那么可以采取以下方法：
第一，咨询律师。如果双方在签署协议离婚时存在上述情况，可以通过找专业的律师代表自己，要求撤销协议离婚。律师可以向法院提出撤销协议离婚的诉讼，指出协议离婚的生效性存在问题，并且阐述违反了哪些法律规定。如果法院认可了律师的观点，就有可能撤销协议离婚。
第二，通过对抗诉讼。如果对方执意要求协议离婚生效，可以选择对抗诉讼。在诉讼过程中，可以提出证据证明协议离婚的违法情形，如强制、欺诈、威胁等。如果证据确凿，法院就可能判决协议离婚无效，要求双方重新进行离婚协商。
第三，重新谈判离婚条款。如果双方已经签订了协议离婚，但是其中某些条款不可行或存在问题，可以考虑重新谈判离婚条款，达成更为合理的协议。在协议重新达成之前，可以向法院提出要求暂缓协议离婚的申请，使得协议离婚不会在这段时间内生效，以便更好地进行交涉。
总之，即使已经签订了协议离婚，如果其中的条款存在不合理或违法情形，仍然有机会通过律师代理、对抗诉讼或者重新谈判离婚条款等方式维护自己的权益。离婚是一项重大的决定，需要双方慎重考虑并尽可能达成合理的协议，才能避免出现纠纷。
