首先，在确认女方确实已失踪的情况下，男方需要向法院提出申请，申请抚养权判给自己。在申请前，男方需要准备好一些证据，包括与女方生活起居有关的证明文件、女方失踪时间的证明材料、以及与孩子的亲密度、抚养孩子的能力等方面有关的证明材料。
其次，在审理案件时，法院需要依据《婚姻法》等相关法律法规，考虑到孩子的利益最大化，审慎地作出决定。如果男方能够提供充足的证据证明自己更适合担任抚养人，法院可能会通过对孩子的听证、调查等方式进行全面、深入的了解和研判，并最终判定抚养权判给男方。
另外，需要注意的是，判定抚养权不是一定会完全剥夺女方的抚养权，如果女方最终被找到，法院有可能会根据情况适当分配抚养权，以最大程度地维护孩子的权益。
总的来说，想要成功申请抚养权判给自己，男方需要利用好法律资源，全面准备好相关证据材料，并在申请、调查、审理过程中持续投入精力，争取最有利的结果。当然，对于长期失踪的情况，还需要考虑到孩子长期的教育和生活问题，为此要做好充分的准备和规划。
