分居后的协议离婚书应包含以下事项：
1. 具体离婚原因：双方分居的原因应该清楚地阐述，包括导致分居的各种因素和实际情境，以避免后续纠纷。
2. 赡养子女的问题：如有子女，离婚协议书中应明确子女的抚养权、监护权、赡养费的数额等。
3. 财产划分： 双方的财产应明确划分，包括共同财产、个人财产等。对于一些影响离婚后双方生活的财产问题，如房产、车辆等，应具体描述各自的分配计划。
4. 婚姻债务： 除了财产外，协议离婚书还应分清婚姻债务和个人债务，以避免日后的纠纷。
5. 协议离婚的效力： 协议离婚的有效时间、维持协议的条件，以及当事人之间在后续有争议时，读懂所适用法律等。
6. 签字与留底： 双方应该签署协议离婚书，并在达成的协议下交由公证处进行公证，留下证据。
要注意，无论何时，离婚都不是一个简单的事情。在协议离婚前，双方应该经过充分沟通、考虑后再作出决定。若需要咨询专业律师或心理医生，可以适当寻求帮助，使离婚过程平稳、和睦。
