首先，协议离婚需要双方协商一致，确定离婚的事项。以下是一个分居三年协议离婚的写作参考：
协议离婚协议书
甲方（男方）姓名：xxx，身份证号码：xxx
乙方（女方）姓名：xxx，身份证号码：xxx
一、离婚协议
1.自愿离婚
甲方、乙方在感情和其他因素的影响下，自愿达成协议离婚，没有任何重大争执或冲突。
2.财产分割
根据双方自愿的原则，现将夫妻双方财产情况及分割约定如下：
现有房产位于xx路xx号，共产生房产证一本，目前贷款余额xx元，按照下列比例分割：
甲方：房产证所有权，承担贷款余额的70%。
乙方：承担贷款余额的30%
3.抚养儿女
双方育有1个子女，在离婚后，由乙方独立抚养。甲方应按照法律规定缴纳子女抚养费。
4.维持秩序
甲、乙双方在离婚后，保持良好互动关系，不干扰对方正常生活。
二、离婚生效
1. 本协议自双方签字当日起生效。
2. 妥善处理所有未尽事宜及产生的纠纷。
3. 双方签字效力
甲方：____________________
乙方：____________________
日期：____________________
以上是一份分居三年协议离婚的参考协议书，具体情况可以根据实际情况进行修改和补充。最重要的是双方友好协商，尽量达成共识，以便顺利完成协议离婚手续。
