事实婚姻指的是未经过法定程序登记的男女关系，双方之间并没有任何法定的婚姻义务和权益。因此，协议离婚是否可以适用于事实婚姻这种未经法定程序登记的婚姻关系，需要从法律和实践角度进行探讨。
首先，根据我国婚姻法的规定，只有经过正式登记的婚姻关系才能通过协议离婚的方式解除，而未经过登记的事实婚姻并不受到婚姻法的保护和约束，不能以婚姻关系的身份进行离婚。因此，理论上来讲，事实婚姻不能通过协议离婚的方式解除婚姻关系。
然而，在实践中，由于法律的不确定性和现实的复杂性，事实婚姻是否可以通过协议离婚需要具体情况具体分析。如果双方自愿结束婚姻关系并达成协议，可以向有关部门申请民事调解或仲裁，由其审核协议内容是否合法、公正，从而达成离婚协议。但是需要强调的是，事实婚姻的离婚协议在法律上并没有法定效力，如果其中一方违反协议，对方并没有法律途径维护自己的权益，因此协议离婚不如正式登记婚姻关系离婚来得有保障。
总之，事实婚姻在法律上不能通过协议离婚的方式解除婚姻关系，但在实践中可以通过民事调解或仲裁等途径达成离婚协议。然而，需要注意的是，事实婚姻的离婚协议在法律上并没有法定效力，协议离婚的过程和效果都与正式登记的婚姻关系有所不同，需要双方谨慎对待。
