根据我所了解的相关法规和规定，农村宅基地建三层存在违章建筑行为。
首先，建立在农村宅基地上的房屋，须符合城乡规划部门对宅基地建设的管理要求，且建筑高度不应超过国家或当地政府规定的限制高度。一般来说，农村宅基地建筑高度不得超过2层，如果出现建造3层的情况，那么就存在违法行为。
其次，根据城市规划法等法律法规的规定，任何单位和个人在进行建筑活动时，必须遵守国家和颁布的相关规划，未经批准建造建筑物，就属于违章建筑。如果农村宅基地建造三层属于未经批准建造，那么就属于违章建筑。
最后，申请建房需要办理居民住房建设用地使用证，只有持有该证才能进行建房设计、施工以及验收等。如果在进行农村宅基地建房活动时没有办理使用证，那么就属于违法行为。
综上所述，农村宅基地建造三层是违法的。任何建筑活动都需要遵守国家和地方的规定，在未经批准的情况下擅自进行建筑活动，不仅会对城市规划和环境造成影响，还会对个人、他人和社会产生不良后果。因此，建议农村居民在建造房屋时务必遵守国家和地方规定，注重合法性和规范性。
