如果有拆迁补偿协议存在，但是协议被认为无效，这种情况下，最好通过法律途径解决问题。以下是一些可能的方法：
1.检查协议是否合法：首先需要确定协议是否合法，因为只有合法的协议才能被认为是有效的。如果协议中存在不合法的条款，这可能导致协议无效。
2.寻求司法救助：如果协议被认为无效，可以通过法律途径解决问题。可以请律师起草诉状，提起民事诉讼或仲裁，向法院或者仲裁机构申请确认协议的无效性，并请求承担经济损失，同时建议保留好任何与诉讼相关的证据。
3.寻找支持：如果是在拆迁后协议被认为无效，向政府相关部门、人大代表、律师等寻求支持，帮助解决问题。政府部门可能会协助重新谈判补偿协议，而代表和律师则可以提供法律支持和建议。
总之，如果存在拆迁补偿协议无效的问题，最好的方法是通过法律途径解决。此外，维护自己的合法权益也需要注重证据收集和相关法律知识的了解。
