拆迁补偿协议是指在政府或开发商要求某个区域内的住户或商户搬迁或拆迁时，双方就该搬迁或拆迁所涉及的费用、时间、方式等事项达成共识所签署的一份正式协议。在该协议中，应包括双方就搬迁或拆迁所涉及的费用、时间、方式等细节事项达成共识，并在协议生效之前由双方签署。
然而，在现实生活中，很多拆迁补偿协议并不完善，存在一些瑕疵，双方并不是完全平等的交易，这就导致了许多问题的发生。如果该协议存在强制性与不公平性，即政府或开发商利用其强势地位强制签定协议，或对住户商户进行不公平的利益分配，那么该协议就会失去其合法性。
据《物权法》第十三条规定，“协议内容违反法律强制性规定的，该协议条款无效”。如果拆迁补偿协议中的某些条款违反了相关法律法规，如《国有土地上房屋征收与补偿条例》、《城市房地产管理法》等，那么该协议的相关条款无效。
此外，在签订拆迁补偿协议前，住户或商户也应该注重自我保护，认真阅读协议条款，了解自己的权利和利益，确保协议达成的公正、公平和合法。如果协议达成后发现存在瑕疵或问题，对于不公正或违法的条款，住户或商户可以依据相关法律法规建立违约索赔机制，申请法律救济。
综上所述，拆迁补偿协议的合法性取决于其内容是否符合法律法规的规定。在签订协议时，双方应该平等交易，达成公正、公平和合法的协议，避免导致不必要的法律纠纷。如果协议中存在瑕疵或问题，住户或商户可以依据相关法律法规寻求合法维权途径。
